Kongress ir augstākā biedrības lēmējinstitūcija, kas pulcējas reizi gadā. Kongress sastāv no studējošo pašpārvalžu deleģētiem studējošajiem. Kongresa delegāti pulcējas, lai uz gadu ievēlētu LSA prezidentu, apstiprinātu organizācijas budžetu un izvirzītu darbības vadlīnijas nākamajam gadam. Kongress tradicionāli notiek martā.

Dome ir biedrības lēmējinstitūcija, kas pulcējas ne retāk kā reizi divos mēnešos. Dome sastāv no studējošo pašpārvalžu deleģētiem pārstāvjiem - Domniekiem. Katrai studējošo pašpārvaldei ir vismaz viens, bet ne vairāk kā četri delegāti LSA Domē. Dome lemj par Latvijas Studentu apvienība pozīcijām jautājumos, kas skar studējošo intereses nacionālā un starptautiskā mērogā. Nozīmīgs Domes pienākums ir LSA Valdes un prezidenta darba pārraudzība. Dome ievēl LSA Valdes dalībniekus. Domnieku pienākums ir aktīva iesaiste lēmumprojektu apspriešanā starp Domes sēdēm.

Valde ir biedrības izpildinstitūcija. Valde ir LSA „darītāji" - katram valdes dalībniekam ir pienākumu kopums, kuru izpildi valdes dalībnieks uzņēmies. Būtiski lēmumi par LSA ikdienas darbību tiek pieņemti ar valdes balsojumu palīdzību. Valde pulcējas ne retāk kā reizi divās nedēļās. Valdes darbu koordinē Kongresa ievēlēts LSA prezidents. LSA prezidents pārstāv biedrību komunikācijā ar tās sadarbības partneriem, masu medijiem un citām valsts un nevalstiskajām organizācijām.